São normalmente causadas por fungos que contaminam totalmente a madeira (Fig-1). Estas manchas não desaparecem com lixamento uma vez que na maioria dos casos elas penetram até o cerne. Madeira com manchas é de segunda qualidade e afetará negativamente a beleza do produto instalado. Estas manchas podem reduzir sua dureza em até 10%, sua resistência à flexão em até 5% e ao impacto em até 30%. Manchas azuladas normalmente ocorre em madeiras claras como o Tauari, Pinus etc..
Outro tipo de mancha que ocorrem, especialmente em madeiras claras, podem ser causada por separadores da madeira na secagem (Tabique) colocadas entre as tábuas para a secagemao ar Elas se apresentam emforma de faixas estreitas (Fig.2 e 3). Est tipo de mancha também não desaparece com lixamento e muitas vezes são quase imperceptíveis, mas serão realçados assim que se aplicar verniz.